- Arsip Nasional Republik Indonesia (ANRI), dikepalai oleh M.Asichin.
- Badan Intelijen Negara (BIN), dikepalai oleh Jenderal Polisi (Purn.) Sutanto.
- Badan Kepegawaian Negara (BKN), dikepalai oleh Edy Topo Ashari.
- Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional (BKKBN), dikepalai oleh Sugiri Syarief.
- Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM), dikepalai oleh Gita Wirjawan.
- Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional (Bakosurtanal)
- Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika (BMKG), dikepalai oleh Dr.Ir. Sri B. Harjono.
- Badan Narkotika Nasional (BNN)
- Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB), dikepalai oleh Syamsul Ma'arif.
- Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT)
- Badan Nasional Penempatan dan Perlindungan Tenaga Kerja Indonesia (BNP2TKI), dikepalai oleh Jumhur Hidayat.
- Badan Pengawas Obat dan Makanan (BPOM), dikepalai oleh Dr. Husniah Rubiana Thamrin Akib.
- Badan Pengawas Tenaga Nuklir (Bapeten), dikepalai oleh A. S. Natio Lasman.
- Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP)
- Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)
- Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (Bappenas), dikepalai oleh Armida Alisjahbana.
- Badan Pertanahan Nasional (BPN), dikepalai oleh Joyo Winoto.
- Badan Pusat Statistik (BPS), dikepalai oleh Rusman Heriawan.
- Badan SAR Nasional (Basarnas), dikepalai oleh Letnan Jenderal (Mar) TNI Nono Sampono.
- Badan Standardisasi Nasional (BSN), dikepalai oleh Dr. Bambang Setiadi.
- Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN), dikepalai oleh Dr. Hudi Hastowo.
- Lembaga Administrasi Negara (LAN), dikepalai oleh Asmawi Riawansyah.
- Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), dikepalai oleh Umar Anggara Jenie.
- Lembaga Ketahanan Nasional (Lemhannas), dipimpin oleh Gubernur Muladi.
- Lembaga Penerbangan dan Antariksa Nasional (LAPAN)
- Lembaga Sandi Negara (Lemsaneg), dikepalai oleh Brigadir Jenderal Drs. Djoko Setiadi, M.Si.
- Perpustakaan Nasional Republik Indonesia (Perpusnas)
